Aafrika suured jõed ja järved mängivad mandri jaoks väga olulist rolli, sest neid kasutatakse selle kastmiseks ja niisutamiseks. Suurtele jõgedele on loodud hulk veehoidlaid, mille kogumaht ületab viieteistkümne kuupkilomeetri. Suurimad neist on Nasser, Kariba ja Volta. Enamik suuri järvi asub Ida-Aafrika platool ja on märkimisväärse sügavusega. Näiteks Tanganjika on sellel näitajal kogu planeedil Baikali järel teisel kohal. Selle sügavaim koht asub veepinnast 1470 meetri kaugusel. Mandri suurim järv on Victoria.
Reiting "Aafrika suurimad jõed", mille eesotsas on Niilus. Selle kogupikkus on 6671 km. See algab Kagera jõe kujul ja voolab pärast mitme järve läbimist Valge Niiluse nime all neist välja. Edasi, Hartumi linna lähedal, suubub sinna Sinine Niilus, mis väljub Etioopia mägismaal asuvast Tana järvest. Olles ühinenud üheks tervikuks, moodustavad need suured Aafrika jõed väga laia voolu, mida nimetatakse Niiluseks. Selle ülemjooksul on suur hulk järvi, koskesid ja kärestikke. Tasandikule tekib palju lisajõgesid ja harusid ning seetõttu muutub org üsna soiseks. Soode taha, allavoolu, piki kaldaid moodustub kitsastest puuderibadest omamoodi haljaskoridor. Kollaste kõrbete taustal tundub see üsna kontrastne.
Märkimisväärne osa jõest on ümbritsetud veevaba kõrbega. Vaatamata sellele on Niilus alati täisvooluline, eriti suvel ja sügisel. Nagu teisedki Aafrika suuremad jõed, on see põllumajanduse jaoks väga oluline. Fakt on see, et pärast vee langust jääb alles mudakiht, mis väetab maad. See võimaldab teil saada korralikku saaki. Pole üllatav, et Niiluse orust sai mitu aastatuhandet tagasi tõeline inimkonna häll. Tänu temale tekkis põllumajandus esmakordselt tänapäeva Egiptuse territooriumil ja tekkis üks esimesi võimsaid riike planeedil.
Aafrika suuremate jõgede loendis on teisel kohal Kongo, mille pikkus on 4320 km. Seda peetakse kogu idapoolkeral kõige rikkalikumaks. Jõe kulgemise ääres külgnevad sellega palju lisajõgesid mandri lõuna- ja põhjapiirkondadest. Ajavahemikus märtsist novembrini toidavad Kongot peamiselt parempoolsed lisajõed ja septembrist märtsini vasakpoolsed lisajõed. Selle seletus on üsna lihtne: tõsiasi on see, et mandri erinevatel poolkeradel langeb vihmaperiood erinevatel aegadel. See nüanss mängib positiivset rolli, sest tänu temale on jõgi täisvooluline aasta läbi.
Kui Kongo suubub Atlandi ookeani, moodustub tohutu suue, nii et se alt väljuv vesi jõuab kaugele sügavale jõkke (kuni 17 kilomeetrit). Selle mõjul jäävad ookeani pinnaveed värskeks umbes 75 kilomeetri kaugusel suudmest. Kongo veed on esm alt pruunid ja seejärel kollakad. See paistab sinise ookeaniveega silma isegi kolmesaja kilomeetri kaugusel rannikust.
Teised suuremad jõed Aafrikas on Niger (4160 km), Zambezi (2660 km) ja Orange'i jõgi (1860 km).
