"Kodakondsuseta" ajal pärast Ivan Julma surma alustasid bojaarid koos haige ja nõrga Fjodoriga avatud võimuvõitlust. Tugevaim neist oli endine opritšnik Godunov. Pärast Theodore'i surma kogus patriarh Job Zemsky Sobori, et valida uus suverään. Sellesse katedraali kogunesid patriarhi nõukogu, Boyari duuma ja teenindajad ning Moskva kaubandus- ja tööstusrahvastiku esindajad. Kõige tõenäolisemad kandidaadid olid kaks inimest: tsaari õemees Boriss Fjodorovitš Godunov ja tsaar Fjodori nõbu, Nikita Romanovitši vanim poeg Fjodor Nikititš Romanov.
Boriss Godunovi valitsemisaastad tulid Vene riigi ajaloos keerulisel ajal. See oli ajavahemik 1598–1605. Tegelikult oli tulevane tsaar võimul juba Ivan Julma haige poja Fjodori ajal.
Boriss Godunovi valitsemisaeg algas kahemõtteliselt. Veebruaris 1598 pakkus nõukogu trooni Borisile, kuid too keeldus. Et ta nõustuks, korraldati vaimulik rongkäik Neitsikloostrisse, kus Boris viibis koos õega. Tulevane kuningas oli sunnitud nõustuma troonile tõusmisega. Seega oli Godunovi valimine populaarne. Samas, samal ajalusuti, et ta kasutas selle saavutamiseks salaja ähvardusi ja altkäemaksu.
Boris abiellus kuningriigiga alles 1. septembril, olles veendunud rahva valimiste tugevuses. Boriss Godunovi valitsemisaeg kogu selle pikkuses eristus äärmise ettevaatusega. Ta kartis oma võimukatseid, kõrvaldas kõik tema suhtes kahtlustavad bojarid. Tema tõeline rivaal oli ainult Fedor Nikitich Romanov, mille tulemusena anti kõik Romanovid kohtu alla süüdistatuna suveräänivastases vandenõus. Bojaaridele tsaar ei meeldinud, pidades teda kohutava järglaseks aadli tagakiusamisega.
Boriss Godunovi valitsusaeg oli Fjodori poliitika jätk, õigemini see, mida Godunov tema ajal tegi. Ta püüdis kõigi vahenditega taastada Groznõi ajastul rikutud inimeste heaolu. Välispoliitikas püüdis ta vältida kokkupõrkeid, hoiduda uutest sõdadest. Ta hoolis õigluse tugevdamisest, ta tahtis olla rahvale hea suverään. Ta andis lihtrahvale tõesti palju kasu. Kolm aastat järjest, alates aastast 1601, oli viljakatkestus, mis tõi kaasa massilise näljasurma. Boriss korraldas nälgijatele tasuta leivajagamise kuninglikust riigikassast, rajas pealinnas suuri hooneid, et inimestele sissetulekut pakkuda.
Boriss Godunovi valitsemisajaga kaasnes nälg, röövimine, kuid see polnud tema süü. See aitas aga kaasa rahulolematuse kasvule kuningaga. Näljahädale järgnes teine ebaõnn – rahvaülestõus isehakanud Tsarevitš Dmitri jaoks. Selle võitluse ajal BorissGodunov suri ootamatult (1605).
Godunov pidas Euroopa haridust väga tähtsaks. Kuningas suhtles välismaiste tehnika- ja meditsiinivaldkonna spetsialistidega, võttis nad meelsasti avalikku teenistusse. Ta saatis noori välisriikidesse, plaanis Moskva koolid võõral moel korraldada. Ta moodustas välismaise mudeli järgi sakslaste sõjaväesalga. Godunovi ajal tõmbas Moskva valitsus selgelt tihedamate kontaktide poole valgustatud läänega ja Euroopa teadmiste assimilatsiooni.
Nii kirjeldab enamik ajaloolasi lühid alt Boriss Godunovi valitsemisaega. Paljud kahtlevad, kui seaduslikult ta võimule sai, sest usuvad, et tema kätetöö oli Julma noorima poja Tsarevitš Dmitri mõrv Uglichis.
