Kaasaegsed ajaloolased ei suutnud kindlaks määrata Emelyan Pugatšovi täpset sünnikuupäeva. Ainus teave, mis meieni on jõudnud, on järgmine: 4. novembril 1774. aastal toimunud ülekuulamisel ütles ta, et on kolmkümmend aastat vana. Aastatel 1773–1775 peetud talupojasõja kuulus ataman sündis Zimoveiskaja külas (Doni armee piirkond). Tema isa oli põllumees, ema oli pärit kasakate perest. Külas abiellus ta Sofia Nedjuževaga.
Kohe pärast pulmi saadeti Pugatšov Emeljan rindele. Seitsmeaastase sõja ajal teenis ta Preisimaal. Ta sai marsi-atamani ametikoha Ilja Denisovilt. Türgi sõja ajal 1768–1770 paistis ta silma hämmastava julgusega. Pärast Benderi vaprat piiramist sai Emeljan Pugatšov korneti tiitli.
Tõenäoliselt vigastuste või haiguse tõttu palub tulevane mässaja enda tagasiastumist, kuid seda talle keeldutakse. Vapper mees otsustab joosta. Kolm korda tabati desertöör, kuid jälle peitis ta end. Viimasel lennul 1792. aastal sattus Pugatšov Tšernigovi lähedale, kus kohtus vanausulistega. Nende juurest kolib ta Yaiki. Just siin, kasakate külas, tõstab Emeljan Pugatšov üles oma esimese ülestõusu. See kannatasebaõnnestus, mistõttu ta võeti vahi alla. Sellise raske süüteo – riigireetmise – eest mõistetakse talle eluaegne sunnitöö. Kohtuotsusele kirjutab isiklikult alla keisrinna Katariina II. Kuid Pugatšov jookseb jälle minema.
Hea sõduri tee viis taas Jaitski steppidesse, kohtumiseni tema vendadega – ebaõnnestunud mässus osalejatega. Nendel kohtumistel andsid kasakad talle keiser Peeter III tiitli, kes imekombel ellu jäi ja tegi temast uue ülestõusu juhi, mis omandas enneolematud mõõtmed. Pärast seda kuulutab äsja vermitud monarh välja oma poliitilise programmi, mille kohaselt Venemaast saab kasakate-talupoegade riik. "Mužik kuningas" peaks riiki valitsema.
Uus sõda impeeriumi vastu algas 17. septembril 1773. aastal. Uue kuninga armee edenes itta, täienedes pidev alt sõduritega. Põgenevad sõdurid, talupojad ja kasakad, keda oli umbes kümme tuhat inimest, kuulasid vastuvaidlematult oma pealiku sõna. Mässulised piiravad ja vallutavad Orenburgi. Emelyan Pugatšov asutab oma peakorteri, sõjaväekolleegiumi ja saladuuma. Pärast võitu kindral Kari üle hõlmab ülestõus naaberpiirkondi: Kaasani ja Tobolski provintsi. Liikumise käsilased tõstavad rahutusi Ufas, Jekaterinburgis, Samaras, Kunguris ja Tšeljabinskis.
Jaanuaris 1774 saatis keiserlik õukond kindral Bibikovi mässu maha suruma. Ägedates lahingutes 22. märtsil 1774 õnnestus Golitsõni korpusel Tatištševi kindluses petis võita. Ebaõnnestumine ootas Emelyani jaaprillil Samara lähedal. Pealik jookseb koos ellujäänud sõdalastega uusi jõude koguma. Emelyan Pugatšov, kelle elulugu on täis võite ja kaotusi, tõstab taas ülestõusu. Kuid õnn pööras talle selja. Rasked kaotused Kolmainu kindluses Kaasani ja Tsaritsõni lähedal sundisid teda taganema. Taganege, et rahvast uuesti üles tõsta.
Pole teada, kui kaua see sõda oleks kestnud, kui uue kuninga teenijate seas poleks olnud reetureid. Kaotustest kurnatud, võtsid nad atamani kinni ja andsid ta võimudele üle. Ta üritas uuesti joosta, kuid tulutult. Ohtliku kurjategija Moskvasse toimetamisega tegeles Suvorov isiklikult. Pugatšov toodi pealinna raudpuuris äraostmatute valvurite saatel. 10. jaanuaril 1775 hukati hulljulge Bolotnaja väljakul.
